现行增值税法规定了农产品抵扣的法定扣税凭证是收购发票和农产品销售发票。收购发票是购买者向农民个人收购其自产农产品时使用增值税发票管理新系统开具的增值税普通发票。农产品销售发票是指农场、合作社、农业开发公司等农产品生产单位销售自产免税农产品时使用增值税发票管理新系统开具的增值税普通发票。或者是小规模纳税人销售的流通环节应税农产品(指除了蔬菜和生鲜肉蛋外的其他农产品)开具的增值税普通发票。一般纳税人凭以上扣税凭证直接按照票面金额*13%计算抵扣进项税额。要注意以下事项：
一、农产品收购发票

(一)收购企业应按照下列要求开具收购发票：

1、开具对象为农业生产者个人自产的免税农产品；

2、项目填写齐全、内容真实、不得涂改；

3、票、物相符，票面金额与支付的货款金额相符；

4、全部联次一次性开具，并加盖财务印章或发票专用章；

5、应如实填写投售人居民身份证号码。投售人与向税务机关备案的信息相符。

(二)收购发票一律不得跨区（省）使用。收购企业在本省范围内跨市、县收购农产品的，可携带空白收购发票外出开具使用；同时应保存好差旅费发票、运费发票或过路（桥）费收据（使用自有车辆运输收购的农产品）等资料，以备核查。如果外省(区、直辖市)农民送货上门，收购发票后须附运费发票或过路（桥）费票据。

(三)向农民支付的收购资金须转账支付。

(四)收购发票使用企业应当按照规定的格式如实填写和保管《农产品投售人信息备案表》(格式见附件)，作为收购发票的附列资料。

二、农产品销售发票

(一)增值税一般纳税人购进农业生产单位销售的免税农业产品取得普通发票抵扣进项税额的，应当取得开具免税农产品普通发票纳税人主管税务机关出具的该纳税人减免税备案通知复印件，并按年度对减免税备案有效性进行确认。

(二)增值税一般纳税人取得的小规模纳税人开具的可抵扣税款的普通发票(指除了蔬菜和生鲜肉蛋外的其他流通环节应税农产品)，抵扣凭证后应当附开具普通发票的企业税务登记证复印件。单笔发票抵扣税款超过一万元的，或者使用外省（市、区）普通发票抵扣税款的，主管税务机关应当通过电子底账系统、抵扣凭证审核检查系统或者实地调查等方式核查购进业务、发票和销售方纳税人的真实性。

(三)《财政部国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》(财税〔2012〕75号)第三条规定“《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证”，即流通环节销售免征增值税的蔬菜和部分鲜活肉蛋产品开具的销售发票不作为扣税凭证。

三、农产品是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品，具体范围按照《农产品征税范围注释》（财税字[1995]052号）和商务部、财政部、国家税务总局关于开展农产品连锁经营试点的通知（商建发【2005】1号）有关规定执行。

四、酒及酒精、乳制品、植物油、绵纺和后续纳入核定扣除的生产企业购进农产品原料按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》抵扣进项税额。